Le COVID-19 a déjà touché plus de 630 millions de personnes et causé la mort de plus de 6,5 millions. Et près de trois ans après son arrivée sur la planète, il reste encore de nombreuses inconnues. Il est en attente de connaître l' origine du virus qui cause la maladie : SARS-CoV-2. C'est que l'agent pathogène a probablement partagé un ancêtre avec les coronavirus de chauve-souris plus récemment que ne le pensaient les scientifiques.
Mais trouver l'ancêtre direct du coronavirus SARS-CoV-2 est très peu probable, selon des chercheurs scientifiques de l'Université de Californie, San Diego, États-Unis, qui ont mené une étude comparative des génomes des espèces de chauves-souris qui habitent l'Asie.
Détecter que les génomes complets du SRAS-CoV-2 et de plusieurs coronavirus de chauve-souris sont étroitement liés suggère qu'ils partageaient un ancêtre commun il y a plusieurs décennies. Mais les virus sont connus pour échanger des morceaux d'ARN les uns avec les autres, un processus appelé recombinaison, de sorte que chaque section a sa propre histoire évolutive.
L'étude a été présentée au 7e Congrès mondial One Health, qui s'est tenu à Singapour il y a quelques jours. Les scientifiques ont comparé des fragments de génomes de coronavirus. L'analyse suggère que des sections du coronavirus de chauve-souris et du SRAS-CoV-2 partageaient un ancêtre commun aussi récemment qu'en 2016, trois ans seulement avant l'apparition de l'agent pathogène chez l'homme fin 2019. il n'a pas encore été examiné par des pairs.
La découverte réduit le temps entre l'ancêtre du SRAS-CoV-2 originaire des chauves-souris et le saut du virus à l'homme, ont déclaré les chercheurs dans un dialogue avec la revue Nature . Cependant, il n'explique pas comment ce saut s'est produit, un mystère permanent de la pandémie dans laquelle de nombreux scientifiques s'accordent à dire qu'un animal est probablement intervenu en tant qu'intermédiaire.
L'étude met en évidence à quel point il sera difficile de trouver l'ancêtre direct du SRAS-CoV-2 chez les chauves-souris, compte tenu de la fréquence à laquelle les coronavirus se sont recombinés et du temps écoulé. Les chances de trouver un ancêtre direct "sont proches de zéro", a déclaré Edward Holmes, virologue évolutionniste à l'Université de Sydney en Australie.
L'ancêtre direct du SRAS-CoV-2 s'est probablement formé à partir de plusieurs virus et s'est réassorti et muté chez les chauves-souris depuis, a déclaré Joel Wertheim, épidémiologiste moléculaire à l'Université de Californie à San Diego, qui était l'un des auteurs de l'analyse présentée à Singapour.
L'échantillonnage des chauves-souris pour les coronavirus pourrait identifier des fragments viraux plus étroitement liés que ceux trouvés dans les coronavirus précédemment connus, mais ne révélera probablement pas d'ancêtre direct, a-t-il averti.
Depuis le début de la pandémie, de nombreux chercheurs, notamment en Asie du Sud-Est, ont séquencé des coronavirus trouvés chez des chauves-souris et d'autres mammifères. Ils ont également séquencé des coronavirus dans des échantillons de tissus plus anciens stockés dans des congélateurs dans l'espoir de trouver les origines du virus pandémique.
Mais les scientifiques ont eu du mal à trouver un virus parent pour le SARS-CoV-2. Cela a conduit à spéculer que la pandémie a été causée par un virus qui s'est accidentellement échappé de l'Institut de virologie de Wuhan, situé dans la ville où la pandémie a commencé. Ce laboratoire a travaillé avec des coronavirus apparentés.
Jusqu'à présent, plus d'une douzaine de virus étroitement liés au SRAS-CoV-2 ont été isolés chez des chauves-souris et des pangolins. Pour déterminer leur relation avec le SRAS-CoV-2, les chercheurs comparent généralement leurs génomes complets, d'environ 30 000 nucléotides.
En utilisant cette méthode, les plus proches parents connus du SRAS-CoV-2 se sont avérés être un virus de chauve-souris trouvé au Laos appelé BANAL-52, dont le génome est identique à 96,8 % à celui du SRAS-CoV-2, et un virus appelé RaTG13 , trouvé dans le Yunnan, dans le sud de la Chine, qui est identique à 96,1 %. La différence de 3 à 4 % entre leurs génomes et celui du SRAS-CoV-2 suggère qu'il y a eu environ 40 à 70 ans d'évolution depuis que ces virus ont partagé un ancêtre commun.
Mais les chercheurs disent que la comparaison de séquences de génomes entiers ignore le rôle de la recombinaison dans l'évolution des virus. Certains morceaux d'ARN pourraient être très différents du SRAS-CoV-2, suggérant qu'ils sont plus éloignés, tandis que d'autres morceaux beaucoup plus similaires impliquent une relation plus étroite.
Pour tenir compte du réassortiment, les chercheurs ont comparé 18 virus de chauve-souris et de pangolin étroitement apparentés au SRAS-CoV-2, en les épissant en 27 segments. Chaque segment - de quelques centaines à quelques milliers de séquences de nucléotides - a une histoire évolutive différente, a déclaré Spyros Lytras, virologue évolutionniste à l'Université de Glasgow, au Royaume-Uni, qui a présenté les travaux à Singapour.
Pour chaque segment, les chercheurs ont utilisé un sous-ensemble plus large de 167 virus apparentés pour estimer combien de temps le SRAS-CoV-2 a partagé un ancêtre commun avec une chauve-souris ou un virus animal. Le travail a été décrit dans un article sur le forum de discussion virological.org le mois dernier, et les co-auteurs prévoient de le soumettre à une revue au début de l'année prochaine.
L'analyse a révélé que certains segments partageaient un ancêtre commun avec le SRAS-CoV-2 il y a quelques années à peine. La plupart des fragments partageaient un ancêtre commun vers 2007, mais un petit fragment, d'environ 250 nucléotides de long, aurait pu partager un ancêtre commun en 2016, et un autre fragment de 550 nucléotides de long en 2015. C'est-à-dire seulement 3 ou 4 ans avant que le SRAS-CoV-2 ne touche les personnes.
Les fragments les plus jeunes provenaient de chauves-souris prélevées au Yunnan et au Laos. Compte tenu des distances que ces virus peuvent parcourir avec leurs chauves-souris hôtes, l'analyse suggère que le sud de la Chine et l'Asie du Sud-Est sont des points chauds pour les ancêtres du SRAS-CoV-2, a déclaré Lytras. "C'est une approche intelligente", a déclaré Holmes. Cela vous donne le signal le plus pur du temps évolutif. Cependant, il a indiqué que certains fragments étaient assez courts, ce qui rend ces estimations moins fiables car il n'y a qu'un nombre limité de nucléotides d'ARN à comparer.
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